Vidensarkæologien, udgivet i 1969, rækker både bagud og fremad i forhold til Foucaults øvrige værk. Det er et forsøg på at opsummere hans hidtidige arbejde og her bliver det klart for ham selv, at det hidtidige omdrejningspunkt - vidensbegrebet - ikke i sig selv udtømmende kan være referencepunkt for hans undersøgelser. Det bliver klart at vores syn på viden er indlejret i en række bredere samfundsmæssige strukturer, og at projektet derfor må revideres.
Bogen er en vigtig nøgle til at trænge lidt dybere ned i de tilgrundliggende intuitioner hos Foucault: hvordan forholdet mellem ordet og tingen altid er problematisk.
Foucaults kritik af selv de mest velfunderede samfundsmæssige institutioner er grundet i en dybfølt anfægtelse af de reduktioner, de pågældende institutioner hviler på. Det er ikke bare en akademisk leg med ord, men udspringer af et - måske endnu skjult - krav fra virkeligheden selv.