Protokollen, pb.

En bilbombe dræber treogtyve personer på en fashionabel restaurant i det indre København. Alt tyder på et terrorangreb, men endnu har ingen taget ansvaret. Nikolaj Storm, der er chef for PET’s enhed for kontraterrorisme, sættes i spidsen for efterforskningen. Med sin nyoprettede task force forsøger han at finde frem til gerningsmændene bag, men han plages samtidig af samvittighedskvaler over ikke at have forhindret angrebet.
Storms efterforskning peger i retning af en formodet terrorcelle på den københavnske vestegn, og den kontroversielle vicekriminalkommissær Katrine Bergman, som bor i området, hentes til PET for at bistå med aktionen. Katrine har drabsafdelingens største opklaringsprocent, men er samtidig suspenderet for vold.
Sagen viser sig langt mere kompliceret end først antaget. Storm og Katrine erfarer, at de står over for en ukendt og magtfuld fjende. En fjende, der er i færd med at planlægge endnu et angreb. I kamp mod tiden indleder de en storstilet menneskejagt for at forhindre katastrofen.