2006: Doc er involveret i et amerikansk tophemmeligt psykologisk eksperiment kaldet NASDAF. Lavfrekvent støj og stoffer gør folk vanvittige, og med hjælp fra psykologer bliver deres adfærd gradvist mere som robotter end mennesker. Da Doc indser, at hans overordnede misbruger såvel forsøgspersoner som eksperimentets formål, bliver konfrontationen mildest talt dramatisk, og han er tvunget til at flygte.
2017: Hurtige fodtrin og skudsalver vækker ex-Navy Seal James ”Doc” Conway fra hans overfladiske søvn. Efter 10 år på flugt er han konstant på vagt. På vej væk fra Panama tages han til fange af narkobaronen Zalaszar, der kender til hans baggrund. Doc stilles over for et ultimatum: at hjælpe Zalaszar eller dø…
Panama doktrinen er den første del i actionserien om ex-Navy Seal James ”Doc” Conway og hans kamp for at forbedre verden.