Hvert år fravælger en række danske forældre at vaccinere deres børn mod mæslinger, fordi kroppen i deres øjne har bedst af at besejre sygdommen selv. De foretrækker hjælpemidler, der intet har med medicinalindustrien at gøre – som homøopatiske dråber og skjorter væddet i saltvand.
De gode mæslinger følger en gruppe vaccineskeptiske forældre under det største udbrud af mæslinger i 19 år. Det er en historie om mæslingedebatten fra 1960'erne og frem til i dag, hvor diskussionen om vacciner er en af de mest alvorlige debatter i vores sundhedssystem. Den handler ikke bare om Danmarks manglende evne til at leve op til WHO's mål, men også om mistillid til sundhedsvæsnet, retten til sin krop og ansvaret for at håndtere en børnesygdom, der i myndighedernes øjne er livsfarlig, men for de vaccineskeptiske forældre blot er en del af livet.