Helen og hendes mor Lily mødes efter flere års ufordragelighed. De opholder sig i bedstemoren Doras hus ved havet i det sydøstlige Irland. De tre kvinder er sammen for at pleje og passe Helenselskede bror Declan som er døende: han har AIDS. Et bjerg affølelser skiller familiens medlemmer ad bitterhed spændinger og dybe sår. Men Declans sygdom tvinger dem til at høre på hinandens versioner af den fælles historie og komme til en slags forsoning. Blackwater Fyrskib er en fortælling om tre generationer afkvinder og deres komplekse emotionelle relationer om mødre ogog sønner om adskillelse og genforening om det usagte og skjulte- kort sagt en moderne familiesaga.